Master (Amélioration des plantes)

La modélisation est une technique qui s’est beaucoup développée avec l’apparition des ordinateurs. Elle permet de résumer les connaissances disponibles sous forme d’équations et d’analyser le comportement de systèmes complexes difficiles à étudier autrement.

Dès la fin des années 1960, le Club de Rome avait commandé une étude cherchant à prévoir l’évolution de la population humaine, en examinant les cinq facteurs de base qui déterminent, et donc limitent, sa croissance : population, production agricole, ressources naturelles, production industrielle, et pollution.

On peut définir un modèle comme étant une représentation simplifiée d'une réalité complexe.

Au terme "modèle" on associe le vocable "système" qui représente la réalité qu'on se propose de modéliser.

Un système peut avoir plusieurs sous-systèmes et composantes qui ont des interconnexions et qui correspondent aux différents niveaux d'étude.

En agronomie, le système est représenté par le complexe "climat-sol-plante" dont le comportement est modifié par les techniques culturales appliquées.

Selon l’objectif et le domaine de recherche scientifique, les modèles peuvent être classés en fonction de la forme du modèle et de la présence (ou l’absence) de la structure mathématique dans la structure de modèle.

MOMOS est un modèle de décomposition qui explique l’écologie fonctionnelle de la biomasse microbienne.

Les matières organiques du sol (MOS) désignent l’ensemble des substances et des composés carbonés

d’origine végétale et animale. Elles se localisent surtout dans l’horizon superficiel (0-20 cm).

La nature des MOS se répartit en 3 catégories :

-La matière organique vivante (vers de terre, insectes, champignons, bactéries,…).

-La matière organique fraîche principalement d’origine végétale.

-La matière organique labile (glucides simples, acides aminés) et la matière organique stable (l’humus)

issues de la décomposition de la matière organique végétale.

La bioinformatique fournit des bases de données centrales, accessibles mondialement, qui permettent aux scientifiques de présenter, rechercher et analyser de l'information.

Elle propose des logiciels d'analyse de données pour les études de données et les comparaisons et fournit des outils pour la modélisation, la visualisation, l'exploration et l'interprétation des données", selon une définition de l'Institut Suisse de Bioinformatique.4

GenBank contient l'ensemble des séquences nucléiques, quelle que soit leur nature (ADN génomique, ARN messager, …). Les séquences produites dans les laboratoires du monde entier à partir de plus de 100 000 organismes différents sont régulièrement soumises au NCBI.

GenBank croit ainsi de manière exponentielle, doublant de taille tous les dix mois. En 2006 elle contenait plus de 65 milliards de nucléotides dans plus de 61 millions de séquences.

La banque se construit soit par des dépôts directs en provenance des laboratoires, soit par des dépôts en masse des centres de séquençage à grande échelle.

FASTA est à l'origine un programme d'alignement de séquences d'ADN et de protéine développé par William R. Pearson en 1988. Un des héritages de ce programme est le format de fichier FASTA qui est devenu un format standard en bioinformatique.

L'Institut européen de bio-informatique (en anglais European Bioinformatics Institute, EBI) est une organisation à but non lucratif qui constitue une sous-division du Laboratoire européen de biologie moléculaire (European Molecular Biology Laboratory, EMBL). Il propose un certain nombre de bases de données d'acides nucléiques, de séquences protéiques et de structures macromoléculaires. Il est en quelque sorte le pendant européen du National Center for Biotechnology Information (NCBI) américain.

On peut définir un modèle comme étant une représentation simplifiée d'une réalité complexe.

Au terme "modèle" on associe le vocable "système" qui représente la réalité qu'on se propose de modéliser.

Un système peut avoir plusieurs sous-systèmes et composantes qui ont des interconnexions et qui correspondent aux différents niveaux d'étude.

En agronomie, le système est représenté par le complexe "climat-sol-plante" dont le comportement est modifié par les techniques culturales appliquées.

La bioinformatique fournit des bases de données centrales, accessibles mondialement, qui permettent aux scientifiques de présenter, rechercher et analyser de l'information.

Elle propose des logiciels d'analyse de données pour les études de données et les comparaisons et fournit des outils pour la modélisation, la visualisation, l'exploration et l'interprétation des données", selon une définition de l'Institut Suisse de Bioinformatique